浙江省水稻栽培历史悠久，拥有丰富的稻种资源。目前保存在国家水稻种质资源中期库（杭州）的浙江省稻种资源共有2000余份，但并没有进行系统的筛选鉴定，导致会存在一些重复保存的稻种资源。本研究以1970份浙江省原产稻种资源为研究材料，利用第二代重测序技术构建了浙江省稻种资源的基因组变异图谱，通过对测序深度、连锁不平衡、缺失率等条件进行SNP过滤，筛选10，532个核心SNP标记用于遗传相似度计算。本研究对13组主要的同名品种进行分析，同名品种之间的遗传相似度均未超过95%，且相互之间存在较大的表型变异，因此同名材料间实际为不同的水稻品种。同时利用1970份材料的核心SNP标记，通过计算两两遗传相似度，筛选出13个高遗传相似度的材料组合。比较表型鉴定结果、植株形态特征发现，高遗传相似度的材料具有高度相似的表型与田间表现，在一定程度上证实了遗传相似度在水稻品种鉴定中的有效性。本研究基本摸清了浙江省水稻种质资源家底，为浙江水稻种质资源的保护和利用提供了重要的科学依据。