大豆油作为重要的植物油之一，其不饱和脂肪酸的组成和含量决定了营养价值和稳定性。不饱和脂肪酸组分的比例不仅直接影响大豆油的品质，还与消费者的健康密切相关。尽管目前已有大量围绕FAD2基因展开的大豆不饱和脂肪酸研究，但仅能解释约60%的遗传变异，仍有很大空间挖掘其他协同调控基因。因此，深入发掘其他不饱和脂肪酸关键位点，并筛选出可用于育种的优良基因，对于培育功能性大豆品种具有重要意义。本研究对358份大豆种质进行了油酸、亚油酸和亚麻酸含量的测定，并利用GEMMA软件的混合线性模型对3种组分进行了全基因组关联分析，鉴定出5个同时调控三种组分的显著位点以及2个与亚麻酸显著关联的高置信度位点13-13101056和14-46813345。进一步结合连锁不平衡分析（LD）和功能注释鉴定出亚麻酸相关基因GmFAD3A，该基因编码脂肪酸去饱和酶。单倍型分析发现，GmFAD3A的第3个外显子上存在1个非同义突变位点（14-46811463 T/C），形成两种单倍型。其中携带GmFAD3A~(T)种质的亚麻酸含量显著低于携带GmFAD3A~(C)的种质，而油酸含量则高于携带GmFAD3A~(C)的种质。优异等位基因GmFAD3A~(T)的驯化分析显示，野生大豆中占95.5%，这一比例在地方品种降低至85.6%，而选育品种中提升至91.7%。本研究为大豆不饱和脂肪酸组分的改良提供了可靠的理论基础，并为培育低亚麻酸/高油酸含量及理想不饱和脂肪酸比例的大豆品种提供了重要位点和基因。