黑稻种质资源分布广泛，遗传背景较为复杂，揭示黑稻材料的遗传背景、明确材料间的亲缘关系具有重要意义。本研究利用实验室前期筛选的30条SCoT引物对90份水稻材料（包括21份黑叶黑稻、24份紫叶黑稻、30份绿叶黑稻、15份白稻）进行遗传多样性分析。结果显示，SCoT引物共扩增出194个条带，其中多态性条带165条，多态性比例为85%。等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei′s基因多样性指数（H）以及Shannon′s信息指数（I）的平均值分别为1.9216、1.3922、0.2445和0.3836。聚类分析结果显示，在遗传相似系数为0.73处，将90份水稻材料分为4类。群体结构分析与聚类分析结果一致性较好，说明SCoT标记适用于黑稻遗传背景及亲缘关系的研究。供试水稻种质间的遗传相似系数主要分布在0.59～0.79之间，遗传相似度较高，分子方差分析显示，91%遗传变异来源于群体内，群体间的遗传变异为9%，说明供试水稻材料间遗传差异较小，应进一步丰富黑稻种质资源遗传多样性。本研究为黑稻杂交育种中的亲本选择提供参考依据，同时为黑稻品种的遗传改良、新品种培育提供理论依据。