《中医理法针药全书摘要》中“咳嗽篇”和“咳论篇”两章对咳嗽进行了论述。咳嗽篇将咳嗽分为“偶尔之病”和“穷年累月之咳”两大类来论，提出久咳为“食饮夹杂外邪所致”，“治以涤饮为主，加以温中散寒”。咳论篇则沿用《素问·咳论篇》中五脏咳、六腑咳的分型，逐条补充了各型咳嗽适用方药及针灸治法，其补方及针药的运用体现了沈士真先生治疗咳嗽时重视脾胃、“以涤饮为主”的治疗观点。两章从病因、症候、治法、方药等方面对《黄帝内经》中关于咳嗽的理论进行了进一步的拓展与完善。